Для всех тех (ну и для себя, что бы не забыть) в ISPManager с fast-cgi если не загружаются файлы больше 128 Кб в файле /etc/apache2/mods-enabled/fcgid.cong добавить сточку MaxRequestLen 10485760, где число — размер файла в байтах. Примерный исходник ниже:
<IfModule mod_fcgid.c>
AddHandler fcgid-scripts .fcgi
FcgidConnectTimeout 20
MaxRequestLen 10485760
</IfModule>

/etc/init.d/apache2 restart